И до сега дълбочината на езеро Соболхо не е точно известна. В района на това неголямо езеро понякога изчезват хора и домашни животни. Най- удивителното било, че животните, изчезнали в него, не рядко са били намирани в други водоеми…. Този факт може да говори само за едно: в този район много от водоемите са свързани помежду си с подводни протоци. Сибирските учени смятат района на езеро Соболхо за геопатогенна зона.
Неотдавна езерото съвсем сериозно е заинтересувало учените. Организирана била научна експедиция за изучаването на езерото и ъчените рещоло. Че 20-метров кабел ще е напълно достатъчен за измерване дълбочината на езеро Соболхо. На орактика въобще не успели да установят дълбочината му. По тяхно мнение в дълбочина езерото може да се съединява с мрежа от карстови пещери и тунели, които на свой ред водят към съседните водоеми.
Има и версия, че в глъбините на езерото може да има и разлом на земната кора под формата на кратер, стигащ до дълбочина няколко километра.
Съществуването на картсови пещери и тунели в влъбините на езерото, сякаш е потвърдено от любители-водолази от Иркутск през 1995 година. Един от водолазите едва не се удавил, влизайки в дълъг подводен тунел. Когато, в крайна сметка, с почти свършил кислород, успял да изплува, се оказал в съседно езеро!