Главната загадка за мегаполиса, възникнала пред учените, била свързана не с разцвета му, а с причините за неговата гибел. различни предположения за това, от какво е „умрял” града, но нито едно от тях не издържало: нямало ни най-малка следа от водна стихия, нито пък многобройни трупове на хора или животни, нито парчета от оръжие и следи от разорение…. На намерените трупове нямало и следа от рани, характерни при действие с хладно оръжие. Очевидно било, че става въпрос за нещо, което е станало внезапно и е било за кратко.
В крайна сметка била издигната зашеметяваща хипотеза – англичанинът Джейс Девенпорт и италианеца Енрико Винченти категорично заявили, че древния град бил постигнат от съдбата на Хирошима и Нагазаки, което ще рече, че древния мегаполис бил унищожен от ядрен взрив! Това отчасти се потвърждава от разпръснатите сред руините парчета глина и зелено стъкло (цели пластове). Вероятно пясъкът и глината под въздействие на високата температура първо са се разтопили, а след това мигновено са се втвърдили. Такива пластове от зелено стъкло се появяват в щата Невада (САЩ), след всеки ядрен взрив.
От момента на разкопките в Мохенджо Даро е изминало цяло столете. Сегашните изследвания показват, че обгарянето на фрагментите от древния град е станало при колосално висока температура – не по- ниска от 1500 градуса по Целзий. Изследователите са показали и ясно очертаната област на епицентъра, където всички сгради са сринати до земята. От центъра към периферията разрушенията постепенно намаляват. И още нещо: в Мохенджо Даро са намерени десетки скелети, радиоактивността на които надвишава нормалната … 50 пъти!
Впрочем, в древния индийски епос „Махабхарата” има твърде много предания за странната сила на това непознато оръжие. В една от главите се разказва за снаряд „светещ като огън, но нямащ дим”. След неговото падане дълбока тъма закрила небосвода, повдигнали се бури и смерчове, носещи бедствия и разорения. Хиляди домашни и диви животни и десетки хиляди хора озпепелил страшния взрив, а селяни, граждани и войници се хвърляли във водата, за да отмият отровния прах…